Man reser till Karlsöarna med båt från Klintehamn på Gotland. Med Karlsöarna avses både Stora Karlsö och Lilla Karlsö. Det är fartyget M/F Stora Karlsö som står för överfarten. Resan till Stora Karlsö tar omkring 30 minuter. För det fall man angör Lilla Karlsö utökas färdtiden till cirka 40 minuter. För att minska det ekologiska avtrycket i den vackra natur som råder på Karlsöarna är det definitivt tillrådligt med dieseloptimering för de farkoster som rör sig i dessa farvatten.
Stora Karlsö
Stora Karlsö är ett av Sveriges många naturreservat. Man är i regel välkommen att besöka den vackra ön från tidiga maj till slutet av augusti. Stora Karlsö ligger 6,5 km sydväst om Gotland. En dagsutflykt på Stora Karlsö innebär cirka 4,5 timmars vistelse på ön.
På Stora Karlsö erbjuds kurser i fågelskådning, naturupplevelser och flora & fauna. Årligen kan man delta i eventet orkidévandringen. På Karlsös orkidéängar står då orkidéerna Adam och Eva samt S:t Pers nycklar i full blom, vilket skapar en enastående vacker blomsterexplosion av tusentals blommor. Här på Stora Karlsö kan den fotointresserade anmäla sig till en fotokurs och upptäcka ön med en fotografs blick.
För den som önskar, går det bra att stanna över natten och bo antingen i fyrbyn, strandhuset eller på vandrarhemmet, enligt tycke, smak och plånbok.
Lilla Karlsö
På Lilla Karlsö får man stövla runt i oexploaterad natur. I de branta klippbranterna häckar tiotusentals sillgrisslor och tordmular. Har man ögonen på skaft kan man möjligen få en chans att se de magnifika kungs- och havsörnarna då de besöker ön. Man kan även ha turen att få se någon av de pilgrimsfalkar som har ön som häckningsplats.
Lilla Karlsö växer också olika ovanliga växter som hjärtstilla och hjorttunga. Här växer också en sallatsort, karlsösallat, som verkar vara unik för Karlsöarna.
Speleologer och andra som kryper i grottor kan få sitt lystmäte genom att utforska grottorna på ön.